Los New York Knicks llevaban años sin un pívot principal y disponían de la primera elección del draft de 1964. Eligieron a Jim Barnes, con números dominantes en su segundo año universitario, pero también se fijaron en Willis Reed, el pívot de la universidad de Grambling, que había promediado en su último año, 26,6 puntos y 21,3 rebotes, y fue seleccionado en décima posición. Desde el primer partido se ganó la titularidad y la confianza del entrenador. Varias actuaciones por encima de los 20 rebotes, una máxima anotación de 46 puntos y la defensa (datos no oficiales estiman que puso 15 tapones a Baltimore en un partido) lo llevaron ser premiado Novato del año. Lideró al equipo en minutos (38), puntos (19,5) y rebotes (14,7).
Durante tres temporadas fue incluido en el 2ª quinteto de la liga y consiguió su tope personal de 53 puntos. Llegada la temporada 1969-70, en su mejor momento y acompañado de Frazier, Barnett, DeBusschere y Bradley, entre otros, alcanzaron las 60 victorias y se presentaban favoritos al campeonato. Reed fue nombrado MVP de la temporada (38,1 minutos, 21,7 puntos, 13,9 rebotes, 2 asistencias) y elegido tanto en el mejor quinteto como en el mejor defensivo. Además, había sido el mejor jugador del partido All-Star. Llegaron a la Final frente a Lakers y Reed frenaba a Chamberlain, 37 puntos, 16 rebotes y 5 asistencias en la primera victoria y 38 puntos y 17 rebotes en la segunda. En el quinto partido (2-2) cuando llevaba 7 puntos en 8 minutos cayó lesionado. Los Knicks lograron ganar, pero se quedaban sin «El capitán». En el sexto Chamberlain machacó con 45 puntos y la serie Final se iba al séptimo partido. Inesperadamente, Reed apareció con el chándal de calentamiento y comenzó el partido. Anotó cuatro puntos y defendió cojeando a Chamberlain durante 27 minutos y dio ánimo al equipo. Su compañero Frazier hizo un buen partido y los Knicks acabaron campeones. Reed recibió el MVP de la Final.
Una vez recuperado para la siguiente temporada, cogió 33 rebotes en un encuentro y formó parte del 2º quinteto de la liga. Pero las lesiones volvieron y solo disputó 11 partidos de la 1971-72. En 1973, con un rendimiento mucho menor, pero en un equipo bien conjuntado y con experiencia, volvió llegar a la Final. El rival, de nuevo, Los Ángeles Lakers. En esta ocasión, no estuvo tan igualado, vencieron en cinco partidos y Willis Reed volvió a ser el MVP de la Final, con promedios de 16,4 puntos, 9,2 rebotes y 2,6 asistencias en 30 minutos, el MVP de Final con menos media de minutos de la historia.
En la siguiente temporada solo pudo aparecer en 19 partidos y tuvo que retirarse con 31 años.
Temporada regular – 650 partidos 35,5 minutos 18,7 puntos 12,9 rebotes 1,8 asistencias
Playoffs – 78 partidos 33,9 minutos 17,4 puntos 10,3 rebotes 1,9 asistencias
Posteriormente, entrenó dos temporadas a sus Knicks y dos a New Jersey Nets, quedándose después seis años trabajando para esta última franquicia.